Основная образовательная программа подготовки магистров состоит из программы подготовки бакалавра (4 года) и специализированной подготовки магистра (2 года). Магистратура является настоящей кузницей кадров для научных и научно-производственных учреждений и организаций, государственных и негосударственных средних, средних специальных и высших учебных заведений. После окончания магистратуры, затем аспирантуры, молодые кандидаты наук стали преподавателями нашего Университета: Афонякин И. В. (старший преподаватель кафедры теории и методики спортивного и синхронного плавания, аквааэробики, прыжков воду и водного поло), Павлов Е. А. (доцент кафедры методических основ физической культуры), Щербинина Ю. Л. (доцент кафедры адаптивной физической культуры), Феофилактов А. (старший преподаватель кафедры теории и методики лыжного спорта) и другие.
  Качество подготовки магистров высоко ценится за рубежом: за более чем 10-летний опыт обучения на факультете было подготовлено свыше 20 иностранных учащихся из различных стран (Ангола, Бразилия, Вьетнам, Грузия, Китай, Корея и др.).
 
На факультете осуществляется подготовка магистров по направлению 032100 Физическая культура по следующим магистерским программам: Спорт и система подготовки спортсменов; Физкультурно-оздоровительные технологии; Психолого-педагогические проблемы физической культуры и спорта; Международное спортивное и олимпийское движение; Физическая реабилитация; Менеджмент и экономика в сфере физической культуры и спорта; Адаптация к физическим (мышечным) нагрузкам; Теория физической культуры и технология физического воспитания; Спортивно-оздоровительный туризм; Подготовка и переподготовка кадров в сфере физической культуры и спорта; Адаптивная физическая культура; Социально-гуманитарные проблемы физической культуры и спорта; Информационные технологии в физической культуре и спорте; Биомеханика; Психолого-педагогические проблемы физической культуры и спорта (одаренность к спортивной и экстремальной деятельности). Научными руководителями являются ведущие ученые, доктора и профессора наук Шалманов Анатолий Александрович, Попов Григорий Иванович, Столяров Владислав Иванович, Быховская Ирина Марковна, Неверкович Сергей Дмитриевич, Родионов Альберт Вячеславович, Полянский Валерий Петрович, Кузьмичева Елена Владимировна, Козырева Ольга Владимировна, Захарьева Наталья Николаевна, Мартиросов Эдуард Георгиевич, Рубцова Наталья Олеговна, Гониянц Степан Александрович, Мельникова Наталья Юрьевна, Вовк Сергей Иванович.
 
В настоящее время, в период реформирования национальной системы профессионального образования в соответствии с основными требованиями Болонского процесса, факультет магистерской подготовки активно разрабатывает новые стратегии и технологии обучения студентов в рамках вступления России в Единое европейское пространство. В частности, магистранты самостоятельно формируют часть образовательной программы, включая индивидуально значимые для них дисциплины по выбору – в перечень обязательных дисциплин курса. Это позволяет получать знания, формировать умения и навыки, соответствующие профилю будущей профессиональной деятельности магистранта.
 
 Интернет - страница факультета: http://magistr.sportedu.ru